Direktorat Islamisasi adalah lembaga yang menjadi fasilitator untuk pelaksanaan salah satu dari visi dan misi UNIDA Gontor, yakni Islamisasi Ilmu Pengetahuan Kontemporer. Beberapa program yang berkenaan dengan Rencana Strategis UNIDA Gontor, di antaranya adalah diseminasi materi kajian Islamisasi secara teoritis dan praktis. Baik melalui kajian dosen, mahasiswa, hingga praktis pada peningkatan kompetensi mahasiswa dan dosen dalam hal mendalami bacaan al-Qur'an.